Qoraqalpoq tabiiy fanlar ilmiy-tadqiqot instituti 2012-yilda O‘zR FA Qoraqalpog‘iston bo‘limining Tabiiy fanlar kompleks instituti, Bioekologiya instituti va Orolbo‘yi ijtimoiy-iqtisodiy muammolari institutining birlashmasi negizida tashkil etilgan.
Qoraqalpog‘iston Respublikasining tabiiy, energetika, mineral-xomashyo, o‘simlik resurslarini izlab topish va ulardan oqilona foydalanish, mintaqa ekotizimlarining biologik xilma-xilligini, yaxlitligini saqlash muammosini va ularning holatini baholash mezonlarini, atrof-muhit holatini barqarorlashtirish va muhofaza qilish, mintaqa aholisining turmush sharoitlarini sog‘lomlashtirish muammolarini ishlab chiqish, ekologik jarayonlarni modellashtirish, ijtimoiy-iqtisodiy jarayonlarni tadqiq etish Institut ilmiy tadqiqotlarining asosiy yo‘nalishlari hisoblanadi.
Qayta tashkil etish va optimallashtirish natijasida institutda quyidagi ilmiy bo‘linmalar tashkil etildi:
Hayvonot dunyosi ekologiyasi laboratoriyasi;
O‘simlik dunyosi ekologiyasi laboratoriyasi;
Qattiq jismlar fizikasi laboratoriyasi;
Kimyo laboratoriyasi;
Geologiya laboratoriyasi;
Ijtimoiy-iqtisodiy jarayonlarni modellashtirish laboratoriyasi;
Ekologik jarayonlarni modellashtirish laboratoriyasi;
Botanika bog‘i.
Hozirgi vaqtda institutda 10 ta fundamental tadqiqot loyihasi, 1 ta amaliy loyiha doirasida ishlar bajarilmoqda.










