Ботанический сад Каракалпакского отделения Академии наук Республики Узбекистан был создан в 1959 г. в г. Нукусе.

Основными задачами Ботанического сада являются: обогащение флоры Каракалпакстана новыми видами древесных, плодовых и травянистых растений из различных географических зон и районов, изучение и сохранение генофонда редких и исчезающих видов растений края, разработка рациональных методов выращивания растений, отбор из числа интродуцентов наиболее ценных и перспективных видов для применения в народном хозяйстве, а также проведение учебно-педагогической и научно-просветительской работы в области ботаники и охраны природы. Здесь проводились многочисленные научно-исследовательские работы в области изучения и сохранения растительного разнообразия, в первую очередь региона Приаралья, была создана большая семенная коллекция местных интродуцированных растений.

В 1991 г. Ботаническому саду был придан статус научного отдела при Президиуме Каракалпакского отделения Академии наук Республики Узюекистан. Построен главный лабораторный корпус, введена в эксплуатацию теплица, где выращиваются различные виды декоративных растений.

Изучение в стационарных условиях их экологии, биологии, выявление видов и форм, полезных для народного хозяйства, разработка научных основ введения дикорастущих растений в культуру.

Сотрудниками Ботанического сада института разработана технология выращивания древесных и травянистых растений семенным и вегетативным путем для зеленого строительства, сроки посева и посадки их на юге Приаралья. Выделены 3 дендрологических района интродукции древесных растений на территории Каракалпакстана: Устюртский, Кызылкумский и Нижнеамударьинский, которые совпадают с агроклиматическими округами и геоботаническими районами.

Определено, что каждый такой район характеризуется своими аборигенными древесными растениями, которые являются не только индикатором почвенно-климатических условий района, но и показателем его интродукционных возможностей.

Ботанический сад осуществляет систематические связи с 19 зарубежными и 50 ботаническими садами СНГ, обменивается с ними семенами и посадочным материалом. Ботанический сад является единственным научным учреждением Каракалпакстана, где разрабатывается актуальная проблема сегодняшнего дня «Интродукция и акклиматизация растений».

В Ботаническом саду выполняется научно-исследовательская работа в рамках государственной программы фундаментальных исследований на тему: “Интродукция и изучение эколого-биологических особенностей древесных растений на засоленных почвах юга Приаралья”.