Современная каракалпакская наука прошла очень сложный и тернистый путь. Низовья Амударьи издавна привлекла внимание исследователей древней своей культуры, уникальной флоры и фауной, настольных запасов полезных ископаемых. Привлекало удачное Аральское море, расположенное среди песков и богатое рыбными ресурсами. Для изучения всего этого снаряжались региональные экспедиции, носящие как научно-разведывательный, так и политический характер. В 20-30-х гг. ХХ века систематические исследования нашего края. Были исследования по изучению природных ресурсов и производительных сил края, которые сопровождались изучением культурного наследия каракалпакского народа. Большие работы по изданию литературного и фольклорного наследия, по составлению основ грамматики каракалпакского языка. Для этих целей были направлены в Каракалпакстан из Москвы студенты этнологического факультета МГУ Н.А.Баскаков и А.Давлет. В конце 1920-х годов к их работе присоединился художник-этнограф А.Мелков. Их материалы сегодня имеют огромное значение для изучения этнографии народов Каракалпакстана начиная с прошлых трудов. В это же время начинаются археологические раскопки на территории Каракалпакстана, систематические работы по составлению истории народов Востока Институтом Востоковедения АН бывшего СССР. В итоге эти работы были изданы трудов «Материалы по изучению производственной силы Каракалпакской АССР» и «Материалы по истории каракалпаков» (Москва-Ленинград, 1934). Изыскательские работы, проводившиеся на территории Каракалпакстана, легли в основу организации ставшей потом всемирно-известной Хорезмской Археологической экспедиции под руководством С.П.Толстова.
Результатом этой деятельности стало открытие в 1931 году первого научного центра в Каракалпакстане — Каракалпакского научно-исследовательского института. В работе института были обработаны не только кадры из Центра, но были привлечены и первые местные кадры из Каракалпакстана – К.Аимбетов, Ж.Урумбаев, К.Убайдуллаев, Т.Бекимбетов.
В годы Второй мировой войны, несмотря на трудности, наука в Узбекистане продолжала развиваться. В 1943 году открылась Академия наук Узбекистана. А на следующий год в Каракалпакстане открылся Институт языка и литературы. Директором института был назначен Нажим Давкараев.
В последующие годы в республике встает вопрос о включении научных работ в систему Академии наук. Была организована специальная выездная сессия по изучению материальной и нематериальной культуры, с учетом ресурсов Каракалпакстана. По итогам выступлений на сессии видных ученых и руководства АН Узбекистана было вынесено решение о включении Института языка и литературы в Академию науки Узбекистана и его реорганизации. Таким образом, в 1947 году было принято постановление о Каракалпакском Институте экономики и культуры.
Каракалпакский ИЭиК всегда находился в поле внимания Президиума Академии наук Узбекистана. Большое внимание было уделено подготовке кадров. Так, в начале 1950-х годов защитили кандидатские диссертации С.Камалов, Р.Косбергенов, докторскую диссертацию Н.Давкараев. Избрание в 1956 году Я.М.Досумова, член-корреспондент АН Узбекистана, стало важным событием в жизни республики.
Учитывая необходимость высококвалифицированных кадров в аграрном секторе, постоянное учреждением Совета Министров Узбекистана в 1957 году Каракалпакский институт экономики и культуры был преобразован в Каракалпакский комплексный Научно-исследовательский институт АН Узбекистана. Основными задачами исследования стали язык, литература, фольклор, история народов Каракалпакстана, изучение экономики и сельского хозяйства края, проведение геоботанических исследований, разработка путей повышения продуктивности сельского хозяйства и т.д.
Таким образом к концу 1950-х годов в научно-исследовательской работе республики были достигнуты большие успехи. Каракалпакский КНИИ располагает высококвалифицированными сотрудниками, большинство из которых представляют местные кадры.
В 1958 году на сессии Президиума АН Узбекистана рассматривался вопрос об итогах научно-исследовательских работ в ККНИИ. 25 июля 1959 года постановлением Министров Узбекистана на базе Комплексного Института был образован Каракалпакский филиал Академии наук Узбекистана. Перед филиалом была поставлена ​​задача объединения научно-исследовательских работ в странах.
К моменту открытия филиала в его состав вошли Институт истории, языка и литературы, лаборатории паразитологии, химии, секторы ботаники, экономические исследования и ботанический сад. таким филиалом был назначен тогда еще кандидат филологических наук, впоследствии первый каракалпакский академик Академии наук Узбекистана М.К. Нурмухамедов.
Открытие Каракалпакского филиала Академии наук Узбекистана в Нукусе дало возможность руководителям фундаментальных научно-исследовательских работ в едином научном центре, который координирует научные исследования в республике, дало возможность нормальному развитию научной мысли. Тематика научной разработки охватывает сферы развития народного хозяйства, рыбной мысли, в области гуманитарных наук – изучение истории ККАССР, каракалпакской литературы и фольклора.
Филиал ученых соблюдал рекомендации правительства по развитию республики. В частности, о руководителях строительства в республиканском целлюлозно-бумажном комбинате по переработке камыша, о строительстве электролизного завода по переработке солей.
Одним из выдающихся достижений является создание двухтомника «Очерков истории Каракалпакстана от древнейших времен до наших дней», собрания сочинений каракалпакских поэтов-классиков – Ажинияза, Кунходжи, Омара, работ по современной каракалпакской письменности и языку.
В 1991 году Каракалпакский филиал АН РУз получает статус Каракалпакского отделения и за годы независимости отделение поднялось на новую ступень своего развития. В составе отделения организованы новые институты и подразделения: Институт языка и литературы им. Н. Давкараева, Институт истории, археологии и этнографии, Институт социально-экономических проблем Приаралья, Комплексный институт научных исследований, Институт биоэкологии, а также Ботанический сад, Устюртская пустынная станция, Муйнакская международная биостанция, фундаментальная библиотека, редакция журнала «Вестник» КО АНРуз.
За полувековый период существования Каракалпакского отделения Академии наук Республики Узбекистан (ККО АН РУ), как научный центр получил всеобщие изменения в научной деятельности среди многих стран Ближнего и Дальнего зарубежья.
В результате разделения выросла и сформировалась целая плеяда видных ученых в соответствии с общепринятыми направлениями. Среди них покойные Н.Давкараев, К.Аимбетов, О.Кожуров, К.Убайдуллаев и другие, которые еще до открытия научного учреждения заложили фундамент каракалпакской науки и открыли пути для дальнейшего ее развития, своим самоотверженным трудом заслужили всенародные идеи. Действенными членами Академии наук Узбекистана были избраны М.К. Нурмухамедов (1974), С. Камалов (1979), Ч.Абдиров (1989), Т.Б.Ещанов и А.Даулетов (1995), Ж.Базарбаев, А. Бахиев и Х.Хамидов (2000). К настоящему моменту в Каракалпакском отделении АН РУ работают 3 академика, 8 докторов наук, около сотни кандидатов наук, имеется докторантура и аспирантура по более чем 10 специальностям.
С 1961 по 1996 годы председателем работал академик С.Камалов, в 1996-1997 гг. – академик Ч.Абдиров, в 1997-2004 гг. – академик Т.Б.Ещанов, с 2004 года на этой должности работает академик Н.К.Аимбетов.
За годы независимости самоотверженный труд многих наших ученых был высоко оценен государством, они удостоены высоких наград страны. Так, ученому-археологу Г.Хожаниязову было присвоено высокое звание «Герой Узбекистана», академики С.Камалов, А.Бахиев награждены орденами «Эл-юрт хурмати», профессор В.Н.Ягодин и П.Тагимуратов — орденом «Мехнат шухрати», Б.Нарымбетов — орденом «Дустлик», Ш.Торемуратов, Б.Тлеумуратова. — медалью «Шухрат».
С обретением независимости одного из стабилизирующих условий демократического государства, формирования общества с рыночной экономикой было определено как обеспечение дальнейшего развития научно-технического потенциала страны, путем последовательного, этапного с появлением организации научно-исследовательской деятельности. Важным этапом в этом направлении стал Указ Президента Республики Узбекистан от 20 февраля 2012 года «О совершенствовании организации научно-исследовательской деятельности», где были определены и утверждены приоритетные направления научно-технического развития по перспективу и перечень наименований государственных программ. В этих документах дано четкое представление о том, что разработка приоритетов будет основываться на современных общенациональных целях и приоритетах государств с учетом мировых тенденций, историко-культурных традиций Узбекистана. Постановление Кабинета Министров Республики Узбекистан №233 от 18 августа 2009 г. «О мерах по перспективному стимулированию труда научных работников» и Постановление Президента Республики Узбекистан от 2 ноября 2010 г. «О мерах по перспективному совершенствованию системы подготовки научных и научно-педагогических кадров высшей квалификации», нацеленных на существенное материальное стимулирование научных работников в зависимости от их научного и трудового вклада в разработку научных исследований и практического результата, совершенствование системы подготовки научных и научно-педагогических кадров высшей квалификации, привлечение к научной деятельности одаренной молодежи, создание условий для миграции, ее творческого и интеллектуального движения, создание новых институтов послевузовского образования – института стажеров-исследователей-соискателей и старшие научные сотрудники-соискатели стали очередными этапами с появлением организации научно-исследовательской деятельности.
Постановление Кабинета Министров Узбекистана №33 от 7 2012 года «О мерах по дальнейшей оптимизации структуры и совершенствовании деятельности научных учреждений науки Республики Узбекистан», направленное на повышение эффективности работы научно-исследовательских институтов в соответствии с развитием и развитием научного потенциала высших учебных заведений февраля, продвижение научных исследований и развития академического производства, предлагает решения организационных и структурных вопросов подведомственных учреждений Узбекистана, создание условий молодым, способным ученым правительством для участия в формировании, фундаментальных республиканских и республиканских прикладных программ, в разработке приоритетных исследований развития науки о благе страны. При оптимизации структуры Академии наук Республики Узбекистан было решено провести трансформацию путем обьединения или частичной ликвидации научно-исследовательских учреждений.
Согласно постановлению, предложенной реорганизации и научных исследований Каракалпакского отделения АН РУз:
1) на базе Комплексного института наук, Института Биоэкологии и Института социально-экономических проблем Приаралья Каракалпакского отделения АН РУз создание Каракалпакского научно-исследовательского института наук ККО АН РУз;
2) на базе Института языка и литературы им. Н.Давкараева и Институт истории, археологии и этнографии ККО АН РУз возглавляет Каракалпакский научно-исследовательский институт гуманитарных наук ККО АН РУз. При этом согласно пункту 2 настоящего постановления, в результате реорганизации высшего образования, центры должны иметь юридический статус со всеми банковскими и прочими реквизитами.